转基因微生物在食品生产中应用广泛，其风险评估工作在国际组织和发达国家备受关注。欧盟在食品安全管理框架的基础上发展形成了食品和饲料用转基因微生物及其相关产品的风险评估指南，欧洲食品安全局负责风险评估工作的实施。文章介绍了欧盟转基因微生物风险评估的框架、主要内容、环境风险评价和今后的发展方向，期望能为我国转基因微生物的安全评估和政府监管提供参考。