最小二乘复频域法是近年来提出的频域模态识别的方法，该方法在强阻尼、弱阻尼下都具有很好的识别结果。依据最小二乘复频域法的理论与方法，其系数矩阵有两种形式：实系数矩阵形式、复系数矩阵形式。利用Matlab对最小二乘复频域法进行编程，并编制交互式的软件界面。指出最小二乘复频域法在两种系数矩阵下的参数设置，以及系统极点的求解修正公式。通过对铝板的实验分析，表明在两种系数矩阵下分析结果的一致性，并且复系数矩阵具有更好的数值条件，同时验证了程序的正确性。