为机器鱼的自主巡游、机动转弯和“加速一滑行”游动的动力学特性研究做准备，结合样机试验数据来证明所选驱动方式的优越性，提出一种新的求解机器鱼自主游动动力学的数值算法。认为鱼体质心在绝对系下的运动是由流体外力与自身主动变形共同作用的结果；运用离散化方法推导出新的鱼体域的控制方程，从而提出新的算法。给定鱼体系下机器鱼的主动变形方程，通过耦合求解鱼体域、流体域的控制方程，得到机器鱼的运动过程中的运动学和动力学参数。通过自主游动算例验证了所提数值算法的正确性。